-
Исследование пангенома ячменя показывает, что разнообразие может возникнуть после одомашнивания
Структурное разнообразие локуса amy1_1 и его значение при солодовании. Кредит: Природа (2024). DOI: 10.1038/s41586-024-08187-1 Пангеномы — это коллекции аннотированных последовательностей геномов нескольких особей одного вида. Структурные варианты, обнаруженные в этих наборах данных, являются важным преимуществом генетического анализа сельскохозяйственных растений. Международная исследовательская группа под руководством…
-
Метод метагеномного профилирования с повышенной точностью использует меньше вычислительных ресурсов.
Алгоритмический обзор silph и демонстрация серии секвенирования изолята. Кредит: Природная биотехнология (2024). DOI: 10.1038/s41587-024-02412-y Исследователи из Университета Карнеги-Меллон и Университета Торонто разработали новый метагеномный профилировщик k-mer, названный sylph, который позволяет ученым анализировать геномные данные быстрее и точнее, чем другие профилировщики. Соответствующая статья опубликована в…
-
Новая модель искусственного интеллекта улучшает способность прогнозирования геномики, связанной с болезнями
Кредит: Исследования нуклеиновых кислот (2024). DOI: 10.1093/nar/gkae783 Чтобы понять, как ДНК влияет на болезни, ученые Лос-Аламосской национальной лаборатории разработали первую в своем роде мультимодальную модель глубокого обучения, EPBDxDNABERT-2, способную устанавливать точную взаимосвязь между факторами транскрипции, белками, которые регулируют активность генов, используя аспект ДНК, называемый…
-
Валидационное тестирование платформы анализа генома нового поколения выявило потенциально революционную технологию
При картировании используется ссылка на пангеном, включающая 64 гаплотипа. Кредит: Природная биотехнология (2024). DOI: 10.1038/s41587-024-02382-1 Совместное исследование исследователей из Медицинского колледжа Бэйлора и компании Illumina продемонстрировало исключительные возможности платформы DRAGEN (динамический анализ чтения для GENomics) в комплексном анализе генома. Они демонстрируют платформу анализа генома,…
-
Новая реконструкция генома способствует усилиям по воскрешению тилацина
Колония индуцированных плюрипотентных стволовых клеток, полученная из клеток кожи толстохвостого даннарта. Фото: TIGRR Lab и Colossal. Новые научные вехи в миссии по обращению вспять вымирания тилацина (тасманского тигра) заключаются в продвижении исследований Мельбурнского университета и поиске потенциальных решений более широкого кризиса вымирания. Об этих…
-
Расширение инноваций в области секвенирования генома in situ делает видимыми скрытые взаимодействия ДНК и белка.
Рабочий процесс расширенного секвенирования генома in situ (ExIGS). Кредит: биоRxiv (2024). DOI: 10.1101/2024.09.24.614614 Ученые Гарварда представили новую технику под названием «Расширенное секвенирование генома in situ» (ExIGS), которая сочетает в себе существующее секвенирование генома «in situ» (IGS) с расширенной микроскопией (ExM). Нововведение позволило исследователям связать…
-
Компактные «генные ножницы» позволяют эффективно редактировать геном и могут предложить будущее лечение дефекта гена с высоким уровнем холестерина
В лаборатории Герольда Шанка исследователи из Цюрихского университета использовали белковую инженерию и модель искусственного интеллекта, чтобы сделать белок TnpB гораздо более эффективным для редактирования генома. Фото: Кристиан Райхенбах. CRISPR-Cas широко используется в исследованиях и медицине для редактирования, вставки, удаления или регулирования генов в организмах.…
-
Анализ последовательности генома выявил новый фактор устойчивости к противомикробным препаратам
Сотрудники лаборатории Андам отправились в медицинский центр Дартмут-Хичкок, чтобы собрать бактерии, выделенные из образцов крови пациентов с диагностированными инфекциями, передающимися через кровь. Они привезли бактериальные образцы обратно в UAlbany для обработки и генетического анализа. Автор: Эрин Фрик Антибиотики — это средство спасения жизни. Однако…
-
Повышение качества анализа геномных данных с помощью передовых математических методов
Фреймворк scAMF для анализа данных scRNA-seq. Кредит: Труды Национальной академии наук (2024). DOI: 10.1073/pnas.2400002121 Исследователи из NUS представили новый подход к анализу данных секвенирования РНК отдельных клеток (scRNA-seq). Этот метод обещает повысить как точность, так и скорость интерпретации данных, потенциально ускоряя прогресс во многих…
-
Редактирование генома сои без использования PAM
SpRY индуцировал мутацию GmFAD2-1A/1B в соевых бобах. Кредит: Исследования в области садоводства (2024). DOI: 10.1093/hr/uhae160 CRISPR-Cas9 преобразовал генетическое улучшение сельскохозяйственных культур, однако его зависимость от конкретных последовательностей протоспейсерного смежного мотива (PAM) ограничивает возможности и эффективность редактирования. В сое, важнейшем источнике белка и масла, эти…