Открытия вариантов коронавируса в Великобритании и Южной Африке начались с ставки на бутылку вина

В середине ноября Тулио де Оливейра, который возглавляет лабораторию генетики в Южной Африке, начал получать тревожные телефонные звонки от врачей из провинции Восточный Кейп, которые наблюдали стремительный рост числа пациентов с Covid-19. Больницы быстро становились переполненными. Увеличение, казалось, произошло ниоткуда.

«Это был шок», — сказал де Оливейра, профессор Университета Квазулу-Натал в Дурбане.


Де Оливейра немедленно попросил образцы вируса из носа пациентов, чтобы он мог их генетически секвенировать.

Менее чем за неделю он секвенировал 16 образцов. У всех 16 были похожие мутации — и необычно большое количество мутаций.

«Я сказал себе:« Здесь есть что-то очень странное », — сказал де Оливейра.

Де Оливейра, известный охотник за вирусами, обнаружил новый вариант коронавируса.

16 образцов находились на расстоянии сотен километров друг от друга в провинциях Восточный Кейп и Квазулу-Натал, поэтому у него было подозрение, что этот вариант быстро распространяется.

Чтобы усугубить беспокойство, некоторые из мутаций были в генах, связанных со шипами, которые находятся на вершине вируса. Тесты на обнаружение вируса, а также препараты и вакцины против Covid-19 были нацелены на эти всплески. Беспокойство заключается в том, что, если всплески изменятся, возможно, тесты, лекарства и вакцины могут не работать.

На следующем этапе поиска вирусов де Оливейра обратился к лабораториям Сети геномного надзора в Южной Африке с просьбой прислать образцы вирусов от своих пациентов с Covid-19 отовсюду.

Одна из лабораторий находилась в Стелленбосе, городе, где расположены знаменитые винодельни Южной Африки.

Охота на & # 39; Disease X & # 39;

Де Оливейра сказал, что Сьюзан Энгельбрехт, старший научный сотрудник лаборатории Стелленбоша, сказала ему, что она была бы шокирована, если бы новый вариант достиг ее области, так как это более чем в 700 км от залива Нельсона Манделы, где распространение варианта было первым. пятнистый.

«Я поспорил с ней, что, если мы найдем вариант более чем в 50% образцов из Стелленбоша, она даст мне бутылку вина», — сказал де Оливейра. «Она сказала, что не только даст мне бутылку вина, но и съест свою шляпу».

Из 67 образцов из Стелленбоша 58 были того же варианта, что и в заливе Нельсона Манделы.

Де Оливейра обдумывает, какое вино из Стелленбоша он выберет, но он знает, что это будет дорогое вино.

Тулио де Оливейра, профессор Университета Квазулу-Натал в Южной Африке, и его команда обнаружили там вариант коронавируса.

Несколько дней спустя, 4 декабря, де Оливейра отправил срочное электронное письмо официальному лицу Всемирной организации здравоохранения, которое руководит рабочей группой агентства по эволюции вируса SARS-CoV-2.

«Я хотел бы попросить срочно добавить в повестку дня сегодня — предупредить о некоторых предварительных выводах из Южной Африки», — написал де Оливейра.

Разрешение было получено, и де Оливейра предупредил других учёных по вызову, приехавших со всего мира, об этом странном новом варианте, который он видел в Южной Африке. Он отметил, что это включает мутацию в позиции белка-шипа под названием N501Y, и призвал своих коллег искать похожие мутации в своих странах.

Эндрю Рамбо, профессор Эдинбургского университета, взялся за задание. Он и его коллеги просмотрели геномную базу данных Великобритании и нашли вариант, содержащий мутацию N501Y, которая быстро распространялась в некоторых частях юго-восточной Англии. Они опубликовали свои выводы 20 декабря.
В тот день Рамбаут твитнул: «Намек на поиск N501Y исходил от @Tuliodna, который отслеживал эту мутацию в Южной Африке».

Мария Ван Керкхове, технический руководитель ВОЗ по борьбе с коронавирусом, сказала, что открытие де Оливейры «определенно послужило толчком для [British scientists] посмотреть на различные типы вариантов «.

«Я так благодарен, что у нас есть это [international] сотрудничество «, — сказала она.

«Мы ведем очень опасную игру с этим вирусом»

Если вирус изменяет свою генетику правильным образом, тесты могут не так легко обнаружить его, и вакцины могут не работать.

«Сейчас мы ведем очень опасную игру с этим вирусом», — сказал Ван Керхов, учитывая стремительный рост в США и других странах. «Нас беспокоит то, что чем дольше это распространяется, тем больше возможностей для изменения».

Один американец умирает от Covid-19 каждые 33 секунды, поскольку внедрение вакцины наталкивается на препятствия

Эти варианты были обнаружены в Южной Африке и Великобритании, но неясно, где они начались. Пока кажется, что оба распространяются быстрее, но они не более смертоносны. Производители вакцин и другие ученые изучают, представляют ли эти варианты проблему для вакцин.

Наблюдение за вирусом — генетическое секвенирование образцов большого числа людей — это «фундаментальный аспект контроля над вирусом» и важный способ «понять своего врага», — сказал Ван Керхов.

Тревор Бедфорд, геномный эпидемиолог из Онкологического исследовательского центра Фреда Хатчинсона, приводит пример того, как этим летом генетическое секвенирование помогло связать 59 случаев Covid-19 в различных частях Ирландии в один рейс. Знание, что пассажиры поймали его в самолете, помогло в отслеживании контактов и контроле.

«Секвенирование действительно решило проблему», — сказал Бедфорд.

Секвенирование коронавируса в США

20 декабря, в день, когда британские ученые опубликовали свои выводы, Slack загорелась группа американских охотников за вирусами.

Возможно, варианты из Великобритании и Южной Африки или другие вызывающие беспокойство мутации существовали и в Соединенных Штатах.

«Это определенно зажгло огонь под людьми», — сказал Бедфорд, член Slack группа для SPHERES, нового американского консорциума по координации генетического секвенирования коронавируса, возглавляемого Центрами США по контролю и профилактике заболеваний.
CDC надеется удвоить количество образцов коронавируса, проверенных на новые мутации
Пока что в условиях пандемии секвенирование генома в США отставало от других стран. Например, согласно базе данных GISAID, в Великобритании были секвенированы образцы вируса примерно у 146 000 человек, а в США — только у 58 000 человек, хотя в США было гораздо больше случаев Covid-19.

По словам Бедфорда, наблюдать за тем, как другие страны, такие как Великобритания и Южная Африка, преуспевают в секвенировании генома, может быть сложно.

«Конечно, это расстраивает», — сказал он.

В Южной Африке, как только де Оливейра узнал от врачей, что число случаев растет, ему и его коллегам потребовалось всего около двух недель, чтобы идентифицировать новый вариант. После того, как британские исследователи получили совет от де Оливейры, им потребовалось менее трех недель, чтобы найти свой вариант и опубликовать свое исследование.

По словам Бедфорда, в США дела идут не так быстро.

В Соединенных Штатах лаборатории, которые имеют образцы коронавируса от пациентов, часто не работают напрямую с учеными, которые будут секвенировать эти образцы. Это означает, что ученые должны идентифицировать эти лаборатории, попросить их сохранить образцы, а затем заключить юридические соглашения об обмене образцами.

«Одна из причин того, что мы делаем такую ​​плохую работу, заключается в том, что у нас [these] структурные проблемы «, — сказал Бедфорд.

С другой стороны, в Южной Африке и Великобритании есть национальные службы здравоохранения, поэтому лаборатории, которые проводят тестирование на Covid-19, и эксперты, занимающиеся секвенированием, обычно работают с одним и тем же лицом.

«У них есть единая национальная система здравоохранения и единая национальная микробиологическая служба, что значительно упрощает координацию», — сказал д-р Грегори Армстронг, директор Управления расширенной молекулярной диагностики Национального центра новых и зоонозных инфекций при CDC. Болезни. «У нас нет системы, которая хотя бы приблизилась к такой же надежной, как система Великобритании».

Другая причина отставания США заключается в том, что Великобритания вложила огромные суммы денег в геномное секвенирование.

«Система в Великобритании действительно является золотым стандартом в области геномного надзора», — сказал Армстронг. «Я не думаю, что мы когда-нибудь сможем подняться до этого уровня».

CDC пытается укрепить систему наблюдения США, недавно выделив миллионы долларов государственным и университетским лабораториям.

По словам Армстронга, цель CDC — более чем удвоить количество геномов коронавируса, секвенированных в США. Секвенирование проводится в лабораториях CDC, государственных департаментов здравоохранения, университетов и частных компаний.

По его словам, в США сейчас секвенируют около 3000 образцов в неделю, и CDC надеется, что в следующие две недели это более чем удвоится до примерно 6500 образцов в неделю.

Ученые всего мира хотят увидеть перемены.

«Я оптимистично настроен на то, что ситуация быстро улучшится», — сказал Ван Керхове.

0 Комментарий
Inline Feedbacks
View all comments