Разгорается спор о том, кто первым поделился геномом SARS-CoV-2 | Наука

кавычка

Когда GISAID, широко используемая база данных геномов гриппа и SARS-CoV-2, выступил с заявлением На прошлой неделе о ряде спорных эпизодов с оптового рынка морепродуктов Хуанань в Ухане, Китай, в релизе в качестве фона объяснялось, что хранилище является «важным фактором глобального здравоохранения», которому доверяют тысячи поставщиков данных из 215 стран и территорий. Но GISAID также включил утверждение, которое озадачивало и приводило в ярость некоторых вирусологов в течение 3 лет: это было место, где 10 января 2020 года были публично опубликованы первые геномы SARS-CoV-2.

Это утверждение бросает вызов современным новостям и аккаунтам в социальных сетях, воспоминаниям многих исследователей, с которыми связался Наукаа также записи, не относящиеся к GISAID, которые указывают на то, что первая последовательность была доступна. через вирусологический.org, форум, на котором ученые обмениваются и обсуждают информацию, утром 11 января в Европе, который был вечером 10 января в Соединенных Штатах. Он был представлен Эдвардом Холмсом, эволюционным биологом и вирусологом из Сиднейского университета, который получил последовательность от Чжан Юн-Чжэня, вирусолога из Фуданьского университета. GISAID, как предполагают различные источники информации, фактически не обнародовал свои первые геномы нового коронавируса до 12 января 2020 года.

«Я очень удивлен» заявлениями GISAID, — написал Чжан в электронном письме Наука. «Я не мог понять, почему некоторые люди пытались переписать историю».

Вице-президент GISAID и зарегистрированный внутренний совет Бен Брэнда поддержал его хронологию в длинном электронном письме, отвечая на вопросы от Наука. Он сказал, что представление о том, что геном Чжан появился первым, является «неточным» и основано на «дезинформации».

Кто именно открыл миру генетический код SARS-CoV-2, может показаться тривиальным вопросом. Но спор идет не о научной славе, считает биолог-эволюционист Scripps Research Кристиан Андерсен. Он называет версию событий GISAID «глубоко проблематичной» и говорит, что она может подорвать доверие к базе данных, которая сыграла важную роль в построении графика эволюции SARS-CoV-2 и появления вариантов.

Что касается Холмса, он говорит, что с удовольствием поверил бы GISAID, если бы это действительно было первым. «Дело не в эго», — говорит он. «Но я не видел абсолютно никаких доказательств их утверждений».



Выпуск первого генома SARS-CoV-2 стал предметом интенсивной закулисной борьбы в Китае, где к началу января 2020 года несколько лабораторий секвенировали вирус. Лаборатория Чжана, которая долгое время сотрудничала с Холмсом, получила образец от пациента с COVID-19 3 января, а 5 января была готова последовательность, которую Чжан загружен в тот же день в GenBank, общедоступная база данных, управляемая Национальным институтом здравоохранения США (NIH). Но он сделал это, не сделав это сразу видимым для других. Сообщается, что Китай строго контролировал любую информацию о SARS-CoV-2 и запретил исследователям обнародовать последовательность.

Чжан, Холмс и их коллеги также отправили статья о новом вирусе Природа 7 января, в соответствии с датой подачи окончательной рукописи. 8 января, Журнал “Уолл Стрит стал первым СМИ, сообщившим, что вспышка в Ухане была вызвана новым коронавирусом и что китайские исследователи определили его последовательность, но в статье не указано, какие именно.

Обеспокоенный задержкой с предоставлением вирусного генома, который считается ключом к разработке диагностических средств, вакцин и лекарств, Холмс 9 января провел «серию отчаянных звонков» Джереми Фаррару, главе Wellcome Trust, как написал Фаррар в своем книга Спайк: Вирус против людей — внутренняя история. Они решили, что Холмс будет оказывать давление на Чжана, чтобы он обнародовал последовательность, в то время как Фаррар призвал Джорджа Гао, главу Китайского центра по контролю и профилактике заболеваний (Китайский центр по контролю и профилактике заболеваний), сделать то же самое с геномами, которые, по их мнению, были у агентства.

кавычка

Интернет хранит воспоминания.

  • Чжан Юн-Чжэнь
  • Университет Фудань

В конце концов Чжан дал Холмсу зеленый свет на то, чтобы обнародовать этот эпизод 11 января, когда он сидел в самолете, который собирался вылететь из Шанхая в Пекин. Холмс говорит, что затем он позвонил вирусологу Эндрю Рэмбо из Эдинбургского университета, который управляет virological.org. Rambaut выложил файл с секвенцией на 1:05 утра по среднему времени по Гринвичу (GMT) 11 января, еще до того, как Чжан приземлился. (Сообщается, что китайское правительство наказало Чжана за игнорирование правительственных приказов, хотя он оспаривал это в Природа история что провозгласило его одним из 10 «людей, которые помогли сформировать науку в 2020 году»).

Выпуск генома нового коронавируса, о котором Холмс объявил в твит 3 минуты спустя — это было провозглашено вехой. “Потенциально действительно важный момент в глобальном общественном здравоохранении – необходимо отметить,Фаррар твитнул после того, как он проснулся позже тем утром. В тот же день разработчики вакцины начали планировать, как сделать прививки на основе гена SARS-CoV-2, кодирующего белок шипа.

Но у GISAID, в котором сейчас хранится более 15 миллионов геномов SARS-CoV-2, другая версия. Брэнда говорит, что Китайский CDC представил три генома в GISAID в 23:29 по Гринвичу 9 января 2020 года, утром 10 января в Пекине. По его словам, первые два генома были выпущены после обработки чуть более чем через час, или более чем за 24 часа до того, как сообщение Холмса появилось на virological.org. В записях о двух геномах в базе данных GISAID указано 10 января как дата представления, но не указано, когда они стали достоянием общественности.

скриншот базы данных GISAID
На этом снимке экрана показаны сводные данные о первых двух геномах SARS-CoV-2 в базе данных GISAID, включая даты сбора и отправки.

По словам Брэнды, GISAID также сразу же объявил об этом на своем веб-сайте. Поиск в Wayback Machine, которая периодически записывает веб-страницы, показывает, что у GISAID был короткий рассказ под названием «Китай публикует генетическую последовательность недавно обнаруженного коронавируса из Уханя». до 13 январяно в архив не попал сайт GISAID 10–12 января.

Последовательность событий GISAID расходится с версией Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ). записано в официальном таймлайне. Об этом сообщил представитель ВОЗ. Наука агентство получило первые геномы китайских CDC в 18:10 по Гринвичу 11 января. В 22:23 по Гринвичу — рано утром 12 января в Пекине — агентство сообщил о прибытии секвенций в твиттере. (По неясным причинам ВОЗ не признала геном Чжана на virological.org.)

В тот же вечер ВОЗ написала в Твиттере, что последовательности «также были отправлены китайскими властями на платформу GISAID», добавив:Мы ожидаем, что они будут опубликованы как можно скорее». Ничто в твитах агентства не указывало на то, что последовательности CDC Китая уже были в сети, не говоря уже о том, что они были опубликованы почти 48 часов назад, как сообщает GISAID. Ан официальный график усилий Китая по обмену информацией о пандемии с миром, опубликовано государственным информационным агентством Синьхуа в апреле 2020 г.также говорит, что выпуск произошел 12 января, как и пресс-релиз правительства Гонконга.

И если GISAID сделал объявление 10 января, похоже, оно осталось совершенно незамеченным научным сообществом и средствами массовой информации. Поиск ссылок на GISAID в период с 10 по 12 января Twitter— когда росли опасения, что вспышка в Ухане выйдет из-под контроля — ничего не обнаруживается, кроме твитов ВОЗ. По словам Андерсена, «вообще не имеет смысла» то, что ни один ученый не говорил и не писал в Твиттере о раскрытии генома SARS-CoV-2, если оно произошло 10 января.

«У Интернета есть воспоминания, — добавляет Чжан.

Джейсон Маклеллан из Техасского университета в Остине ясно вспоминает публикацию на virological.org как момент, когда началась гонка за производство вакцины против SARS-CoV-2. На следующее утро вместе с исследователями из Национального института здоровья Маклеллан начал внедрять шиповидный ген вируса в вакцину с информационной РНК, которую позже разработала Moderna. В то время «Люди, коллеги и другие люди как бы рыскали, пытаясь найти последовательность», — говорит Маклеллан. «Я не знаю никого, кто получил первую последовательность от GISAID». Он говорит, что «очень маловероятно», что сроки GISAID верны; когда коллега впервые рассказал ему об этом, «это как бы шокировало меня», — говорит Маклеллан.

Брэнда, в ответе GISAID на Наука, отклонил сроки Синьхуа и ВОЗ как неточные. Он поделился скриншотами сообщений WhatsApp между официальными лицами GISAID и ВОЗ, чтобы поддержать свою точку зрения, но они, по-видимому, показывают только то, что 10 января GISAID поделился с ВОЗ положением нового вируса в генеалогическом древе коронавирусов на основе гена, называемого orf1b— не то чтобы его полная последовательность была общедоступной в то время. (ВОЗ сообщения не комментировала.)

Брэнда также привел в качестве доказательства четыре научных статьи, в которых GISAID упоминается как источник первых геномов, в том числе знаковая статья в Медицинский журнал Новой Англии (НЭЖМ) в декабре 2020 года, который показал, что вакцина против COVID-19, произведенная BioNtech и Pfizer, безопасна и эффективна. Его авторы написали, что разработка вакцины «была начата 10 января 2020 года, когда Китайский центр по контролю и профилактике заболеваний опубликовал генетическую последовательность SARS-CoV-2 и распространил ее по всему миру» в GISAID.

«Я много раз хихикал и качал головой, глядя на трагикомедию мира, в котором мы живем, где доказательства из многочисленных рецензируемых научных журналов, в том числе из престижных Медицинский журнал Новой Англиипо-видимому, покоится на том же авторитетном пьедестале, что и «доказательства» из сомнительных правительственных источников, график времени, которому противоречит его собственный автор, и какой-то парень на Twitter», — написала Бренда в ответе GISAID.

Гао поддержал версию событий GISAID, заявив в документальном фильме CNN 2021 года. Гонка за вакциной что «утром 10 января мы опубликовали эпизоды для всего мира». Он не ответил на вопросы от Наука но отправил ссылки на три из четырех статей.

Наука — спросили первый и последний авторы НЭЖМ документ, были ли они уверены, что сотрудничество Pfizer-BioNTech в области вакцин началось на основе геномов GISAID 10 января, и была ли линия в документе предложена официальными лицами GISAID. Авторы передали вопрос сотруднику по связям с общественностью Pfizer, который сказал, что компания занимается этим вопросом.

GISAID приводил доводы в пользу своей временной шкалы по нескольким направлениям. А Профиль Холмса за март 2022 г. в Нью-Йорк Таймс первоначально сообщалось, что он и Чжан были первыми, кто обнародовал геномы SARS-CoV-2, но через 6 дней история была изменена, чтобы соответствовать версии событий GISAID. А Газета “Нью-Йорк Таймс представитель говорит, что исправление было сделано после того, как сотрудник GISAID по имени Шерил Беннетт связалась с газетой. Другой репортер, Кэт Фергюсон, говорит, что получила жалобу. об истории в Обзор технологий Массачусетского технологического института в котором упоминался пост virological.org, но журнал не изменил статью.

Андерсен говорит, что GISAID также оказывает давление на ученых, чтобы они поддержали его версию. А Январский препринт в соавторстве с ним, который представил Outbreak.info, платформа для мониторинга вирусных мутаций, назвала пост virological.org первым опубликованным геномом SARS-CoV-2. Но когда создатели Outbreak.info поделились рукописью с GISAID для проверки (среди авторов была основная и кураторская группа базы данных), официальные лица настояли на том, чтобы ссылка была удалена и заменена ссылкой, поддерживающей их собственную временную шкалу, говорит Андерсен.

По его словам, команда отказалась это сделать, но согласилась включить ссылку на НЭЖМ бумага в уже опубликованная версия.

По словам Андерсена, представители GISAID продолжали просить авторов удалить оскорбительную ссылку на virological.org даже после публикации. «По сути, они просят вас принять участие в их ревизионистской истории, — говорит он. — Я не желаю этого делать.