Новый отчет о происхождении пандемии вызывает споры. Вот ключевые выводы | Наука

На прошлой неделе журналисты поспешили сообщить о ранее неизвестных генетических доказательствах того, что млекопитающие, продаваемые на рынке морепродуктов Хуанань в Ухане, Китай, — возможно, енотовидные собаки — могли спровоцировать ю COVID-19. Но, к огорчению исследователей, которые конфиденциально передали свои выводы консультативной группе Всемирной организации здравоохранения 14 марта, новость появилась до того, как они закончили анализ данных, состоящих из последовательностей РНК и ДНК, собранных на рынке в начале 2020 года. Вчера , однако выложили свой полный 22-страничный отчет на Zenodo, открытом репозитории научных исследований.

По мнению авторов отчета, 19 биологов-эволюционистов из шести стран, данные подтверждают теорию о том, что восприимчивые к SARS-CoV-2 млекопитающие оказались в нужном месте в нужное время, чтобы передать вирус людям, вызвав пандемию. И они, и другие, в том числе генеральный директор Всемирной организации здравоохранения, обрушились на Китай за то, что он раньше не поделился данными о рынке Уханя.

Но критики, многие из которых подозревают, что SARS-CoV-2, возможно, сбежал из Уханьского института вирусологии, говорят, что новые последовательности не дают большого понимания, кроме того факта, что на рынке морепродуктов также продавались млекопитающие. «Просто абсурдно» предполагать, что это свидетельство того, что животные действительно были заражены SARS-CoV-2 и передали его людям, говорит вычислительный биолог Эрик ван Нимвеген. В письме 2021 г. Наука, он и 17 других ученых, в том числе двое, опубликовавших новый отчет, призвали к «сбалансированному рассмотрению» гипотезы об утечке из лаборатории.

Несколько соавторов нового доклада опубликовали две статьи в Наука в прошлом году (здесь и здесь), которые связали происхождение пандемии с млекопитающими, продаваемыми на рынке Хуанань, подчеркнув, что это одно из четырех мест в городе, где продаются животные, восприимчивые к SARS-CoV-2. Эти выводы подкрепляются новым отчетом, говорят его авторы. «Эти аргументы резко контрастируют с отсутствием доказательств каких-либо других путей появления SARS-CoV-2», — заключает их отчет.

Независимо от того, как читатели оценивают импорт новых данных, в отчете Zenodo разъясняются детали некоторых исходных сообщений в СМИ и предлагается несколько свежих идей о последних волнениях по поводу происхождения COVID-19. Наука ниже рассматриваются некоторые ключевые вопросы.



Как именно были найдены данные за 2020 год?

Китайские исследователи загрузили данные секвенирования своих рыночных образцов в вирусологическую базу данных GISAID в июне 2022 года в поддержку препринта, который они опубликовали несколькими месяцами ранее. Первоначально эти данные были скрыты от других пользователей GISAID, но стали доступны в январе 2023 года. Флоранс Дебарр, биолог-эволюционист из CNRS, французского национального исследовательского агентства, которая стала известна в социальных сетях за со сторонниками утечки из лаборатории, говорит, что наткнулась на данные и делились ими с коллегами. Они проанализировали последовательности и обнаружили на рынке доказательства наличия восприимчивых к коронавирусу млекопитающих.

Так почему же эти генетические последовательности сейчас не публикуются?

На следующий день после того, как Дебарр и его коллеги сообщили члену китайской команды о том, что они обнаружили, GISAID сделал данные невидимыми, очевидно, по просьбе отправителя. В отчете Zenodo исследователи заявляют, что их анализ «не предназначен для публикации в журнале» и не предназначен для сбора данных китайской команды. бумагакоторый находится на рассмотрении Природа семейство журналов. Как поясняется в отчете, они загрузили данные, но пока не публикуют их в надежде, что вскоре это сделают китайские исследователи. Тем не менее, в отчете говорится, что группа обнародовала свой анализ, потому что ученые считают, что прошло «необоснованное» количество времени, а последовательности не были обнародованы. «Поскольку данные были удалены из GISAID, мы не можем ими поделиться. Но я бы хотел, чтобы другие ученые могли изучить эти данные, которые очень богаты», — говорит Дебарр. «Чем больше людей работают с этими данными, тем больше мы можем заставить их говорить».

Какова роль GISAID в этом?

Репозиторий стал ключевым источником данных о SARS-CoV-2, помогая ученым анализировать эволюцию вариантов и другие аспекты пандемии. Но Дебарр и его коллеги критикуют его в своем отчете, обвиняя его в том, что он «отклонился от заявленной миссии» по ускорению обмена вирусологическими данными. Со своей стороны, GISAID заявил в заявление сегодня, что исследователи нарушили его соглашения о доступе, и теперь он «временно приостановил» их доступ к базе данных. Разногласия, по-видимому, сводятся к утверждению GISAID о том, что исследователи не следовали его соглашению о доступе и «приложили все усилия для сотрудничества» с китайской командой. Исследователи настаивают на том, что они связались со своими китайскими коллегами по электронной почте и в чате, а также в устной форме во время встречи, на которой несколько соавторов Дебарра по отчету и китайская команда должны были поделиться данными с научным консультативным комитетом ВОЗ. Группа по происхождению новых патогенов.

Что говорят генетические данные в отчете?

Китайские исследователи, а также китайское правительство спорят о том, продаются ли млекопитающие на рынке. Новые данные, возможно, предоставляют самые убедительные доказательства того, что ключевые виды, восприимчивые к SARS-CoV-2, существовали, когда появился COVID-19. Китайская команда 2020 года, посетившая рынок, собрала 923 «экологических образца» из контейнеров, поверхностей и стоков рыночных прилавков. В своем отчете Дебарр и его коллеги говорят, что 49 из этих образцов, инфицированных РНК SARS-CoV-2, также содержали митохондриальную ДНК (мтДНК), которая четко идентифицировала пять млекопитающих: обыкновенную енотовидную собаку, малайского дикобраза, амурского ежа, замаскированную пальмовую циветту и седая бамбуковая крыса. Они также обнаружили другую ДНК, а также РНК млекопитающих. «Совместное присутствие вируса SARS-CoV-2 и РНК/ДНК восприимчивых животных в одних и тех же образцах из определенного сегмента рынка Хуанань и часто в большем количестве, чем генетический материал человека, идентифицирует эти виды, особенно обыкновенного енота. собака, как наиболее вероятные проводники появления SARS-CoV-2 в конце 2019 года», — пишут авторы. Группа составила «тепловую карту», ​​которая показывает, что плотность SARS-CoV-2 была «самой высокой» в рыночных зонах возле киосков, где продавались млекопитающие.

Перепечатанная карта рынка морепродуктов Ухани от Zenodo
Эта карта из отчета о происхождении COVID-19, опубликованного в Zenodo 20 марта, показывает, что в западной части рынка морепродуктов, где продаются млекопитающие, как указано, была самая высокая плотность образцов, содержащих SARS-CoV-2. Млекопитающие были идентифицированы по их митохондриальной ДНК (мтДНК) в образцах. Исследователи во главе с китайцем Сяо Сяо сообщили в 2021 году, что они наблюдали этих млекопитающих на рынке за 2 года, предшествовавших пандемии, как они задокументировали в 2021 году в Научные отчеты. Перепечатано из A. Crits-Christoph, и другие.Зенодо, DOI: 10.5281/zenodo.7754299, (2023)/СС BY 4.0

Почему енотовидным собакам уделяется так много внимания?

Эксперименты показали, что SARS-CoV-2 легко заражает енотовидных собак, которых обычно выращивают для получения меха в Китае, но также продают на мясо на «влажных» рынках, таких как рынок в Ухане, и что они выделяют высокие уровни вируса. В отчете описывается обнаружение мтДНК енотовидной собаки в шести образцах из двух разных прилавков рынка Ухань. Образец из тележки, который дал положительный результат на SARS-CoV-2, также содержал «обильный» генетический материал енотовидной собаки. В том же образце было обнаружено гораздо меньше человеческого генетического материала. Исследователи говорят, что это предполагает, но не доказывает, что енотовидная собака или собаки в тележке с большей вероятностью распространяли вирус, чем люди, работающие в киоске или делающие покупки рядом с ним. Когда они сравнили мтДНК в рыночных образцах с теми, о которых ранее сообщали другие ученые, самое близкое совпадение было получено от дикой енотовидной собаки, которая отличается от подвида, выращиваемого для получения меха. Это говорит о том, что, если енотовидные собаки занесли вирус на рынок, исследователям, изучающим происхождение COVID-19, следует обратить внимание на китайскую торговлю дикими животными, а не на зверофермы.

Означает ли что-нибудь расположение генетических последовательностей на рынке?

МтДНК восприимчивых к SARS-CoV-2 млекопитающих была обнаружена в юго-западном углу рынка, где также была «наибольшая плотность» положительных образцов SARS-CoV-2. «Теперь мы можем показать, что вероятные животные-хозяева SARS-CoV-2 действительно находились именно там, где мы думали, в маленьком квадранте с наибольшей концентрацией поверхностей, которые оказались положительными для вируса, и в горячих точках для продажи живых млекопитающих». — говорит соавтор доклада Майкл Воробей, биолог-эволюционист из Аризонского университета. МтДНК человека была наиболее распространена в других частях рынка. Это повышает вероятность того, что животные передали вирус людям в юго-западном углу рынка за несколько недель до того, как были взяты образцы, и с тех пор эти люди выздоровели от инфекции. Другие инфицированные люди на рынке в этом сценарии, вероятно, заразились от человека к человеку.

Появятся ли на рынке новые неизведанные данные секвенирования?

Воробей и его коллеги также обнаружили образцы, в которых отсутствуют «сырые файлы секвенирования». В своем заявлении GISAID говорится, что они загрузили «неполную часть этих данных», и указали, что более «полный и обновленный набор данных будет доступен как можно скорее для всех пользователей GISAID». Когда эти данные могут стать достоянием общественности, не сообщается. «Все эти недостающие данные могут предоставить ценную информацию о хронологии событий на рынке Хуанань и происхождении вируса», — пишут Дебарр и его коллеги.