Найденные генетические последовательности с китайского рынка могут указывать на животное происхождение COVID-19 | Наука

Научный сыщик из Франции выявил ранее неизвестные генетические данные с продовольственного рынка в Ухане, Китай, которые, по ее словам, подтверждают теорию о том, что зараженные коронавирусом животные спровоцировали пандемию . Во вторник несколько исследователей представили свои выводы Научно-консультативной группе по происхождению новых патогенов (SAGO), экспертной группе, созванной в прошлом году Всемирной организацией здравоохранения.

«Данные еще больше указывают на рыночное происхождение», — говорит Кристиан Андерсен, биолог-эволюционист из Scripps Research, присутствовавший на встрече и один из ученых, анализирующих новые данные. Если это так, то полученные данные ослабляют мнение громкого меньшинства о том, что вирусологическая лаборатория в Ухане была вероятным источником SARS-CoV-2, возможно, когда коронавирус заразил работника лаборатории, который распространил его дальше.

Флоренс Дебарр, теоретик, специализирующийся на эволюционной биологии и работающий во Французском национальном центре научных исследований, обнаружила данные, состоящие из генетических последовательностей, размещенных китайскими исследователями в вирусологической базе данных GISAID. Китайская команда собрала образцы окружающей среды на рынке морепродуктов Хуанань, который был связан с кластером ранних случаев COVID-19 и, несмотря на свое название, также продавал различных млекопитающих в пищу. Поскольку Дебарр обнаружил последовательности, GISAID удалил их, отметив, что это было сделано по просьбе отправителя.

Учитывая, что тайна происхождения SARS-CoV-2 была предметом пристального глобального интереса и вызывающих разногласия дебатов, открытие данных и последующее исчезновение, безусловно, вызовут вопросы о том, почему китайская команда, в которую входит бывший глава Китайского центра по контролю за заболеваниями и Предотвращение (CDC), Джордж Гао – ранее не обнародовал последовательности. Связался с НаукаГао сказал, что последовательности «[n]что-то новое. Было известно о незаконной торговле животными, поэтому рынок был немедленно закрыт».

Но Андерсн и его коллеги надеются, что теперь команда Гао сделает последовательности широко доступными. «Мы призвали Китайский CDC и наших коллег опубликовать эти данные как можно скорее», — говорит он.



Команда Гао использовала мазки для сбора образцов окружающей среды со многих прилавков рынка Хуанань в период с 1 января, дня его закрытия, и 2 марта 2020 года. В прошлом году группа сообщила, что некоторые из образцов, которые дали положительный результат на SARS-CoV -2 также имел генетический материал человека, но не ДНК других животных. Команда сделала вывод в препринте, размещенном на Площадь исследований 25 февраля 2022 г., что это «весьма предполагает», что люди принесли вирус на рынок — вывод, который, как написали Гао и соавторы, означает, что рынок был не источником пандемии, а просто усилил раннее распространение SARS-CoV-2.

Для некоторых китайских исследователей и официальных лиц этот сценарий предполагал, что вирус возник за пределами Китая и каким-то образом попал в Ухань. Для сторонников утечки из лаборатории это означало, что пандемия могла начаться в лаборатории в Ухане.

Исследование еще не было опубликовано в рецензируемом журнале, и Наука впервые сообщил в прошлом году, что некоторые ученые задались вопросом, почему график в препринте, казалось, показывает, что последовательности животных были обнаружены в образцах окружающей среды, положительных на вирус, но не предлагает никаких данных об их идентичности. Анализ, представленный группе ВОЗ на этой неделе, позволяет предположить, что некоторые собранные образцы с положительным результатом на коронавирус содержали ДНК или РНК енотовидных собак, циветт и других млекопитающих, которые, как теперь известно, очень восприимчивы к SARS-CoV-2.

Енотовидная собака в клетке
Эдвард Холмс посетил рынок морепродуктов Хуанань в 2014 году и сделал это фото енотовидной собаки для продажи. Новые данные, которые он помог проанализировать, свидетельствуют о том, что в этом месте были как SARS-CoV-2, так и этот восприимчивый вид.Эдвард С. Холмс

Дебарр говорит, что 4 марта она «случайно» наткнулась на ранее неизвестные данные о последовательности, проводя другое исследование GISAID. Ей потребовалось пять дней, чтобы осознать объем доступных данных и их потенциальную важность.

Дебарр быстро связался с Андерсеном и другими соавторами двух препринтов по поводу генетических последовательностей. опубликовано в феврале 2022 г. Документы, подтверждающие теорию происхождения на рынке, помогли ей отойти от лабораторной утечки и прийти к мысли, что вирус, вероятно, произошел от животных на рынке морепродуктов Хуанань. Майкл Воробей, биолог-эволюционист из Университета Аризоны, который был ведущим автором одной из статей, говорит, что он и его сотрудники все еще анализируют новую генетическую информацию, но пока она укрепила его собственное мнение о том, что SARS-CoV- 2 имели зоонозное происхождение. (Два препринта, соавтором которых он является, были позже опубликованы журналом Science.)

«Фло и я шли по одному и тому же пути, будучи очень открытыми для идей об утечке из лаборатории, но все больше и больше убеждались, поскольку появляется все больше и больше доказательств, что это произошло не так, как это произошло, и что это действительно произошло на рынке Хуанань через торговля дикими животными, — рассказывает Воробей. НаукаИнсайдер.

Воробей также присутствовал на встрече SAGO с Андерсеном и вирусологом Эдвардом Холмсом из Сиднейского университета, которые в 2014 году сфотографировали енотовидную собаку для продажи на рынке Хуанань. Бумага за июнь 2021 г. задокументировали их продажу за 2 года, предшествовавших пандемии.) «Мы надеемся, что сможем больше рассказать о наших анализах, как только они будут полностью завершены, очень скоро», — говорит Воробей.

Группа говорит, что они связались с Гао и его коллегами, чтобы вместе проанализировать обнаруженные рыночные последовательности, и вскоре после этого данные исчезли из GISAID. Гао не стал комментировать Наука об удалении данных.

Препринт команды недавно получил статус на ResearchSquare, что связано с Природа семейство журналов — изменение с «опубликовано» на «на рассмотрении». Журналы часто требуют депонирования данных перед публикацией, поэтому неизбежная публикация могла побудить команду Гао отправить данные в GISAID.

На вопрос, почему GISAID удалил данные о последовательности, Гао не ответил, но указал, что данные не решают вопрос о происхождении SASS-CoV-2, который, как говорят, «все еще является научным и открытым».

Недостающие данные?

В феврале 2022 года китайские исследователи опубликовали препринт, в котором представлен этот график, чтобы показать, что несколько образцов окружающей среды с рынка, содержащих SARS-CoV-2, также содержали генетический материал человека, но не содержали данных о образцах вируса, которые были смешаны с другими видами животных.

График, отображающий генетические образцы окружающей среды с оптового рынка морепродуктов Хуанань.
Г. Гао и другие., Research Square, 25 февраля 2022 г., https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-1370392/v1

Дебарр и его коллеги планируют опубликовать отчет о своих выводах после завершения анализа, но они надеются, что китайские исследователи пересмотрят свой препринт, включив в него полные данные о последовательности с рынка Хуанань, и сначала разместят его. «Как ученые, мы можем работать над этим вместе», — говорит Андерсен.

Андерсен говорит, что не ожидает, что новые данные убедят всех в том, что вирус возник на рынке. Он подозревает, что некоторые люди могут интерпретировать новую информацию просто как означающую, что люди, инфицированные SARS-CoV-2, передали вирус животным на рынке.

Джоэл Вертхейм, биолог-эволюционист из Калифорнийского университета в Сан-Диего, который сотрудничает с Андерсеном и другими в анализе недавно обнаруженных последовательностей, говорит, что некоторые критики гипотезы распространения хотят более убедительных доказательств, чем может предоставить наука. «Вы не можете наблюдать зоонозную передачу нового вируса от животных человеку», — говорит Вертхаймер. «Мы просто никогда не получим такой уровень данных».