Полный потенциал: сточные воды обеспечивают раннее обнаружение вируса SARS-CoV-2

В онлайн-выпуске журнала от 7 июля 2022 г. Природаученые и врачи из Калифорнийского университета в Сан-Диего и Scripps Research совместно с местными и федеральными чиновниками общественного здравоохранения описывают, как секвенирование сточных вод дало радикальное новое представление об уровнях и вариантах -CoV-2 в кампусе и в более широком сообществе. ключевой шаг к вмешательству в области общественного здравоохранения до всплеска случаев COVID-19.


Важно отметить, что авторы заявили, что подход, развернутый Калифорнийским университетом в Сан-Диего в рамках его усилий «Возвращение к обучению», а затем в более широком смысле в окружающем регионе, является масштабируемым, более дешевым и быстрым способом для сообществ и регионов обнаруживать корона и принимать соответствующие меры. .

«Коронавирус будет продолжать распространяться и развиваться, поэтому для общественного здравоохранения крайне важно, чтобы мы обнаруживали новые варианты достаточно рано, чтобы смягчить последствия», — сказал соавтор исследования Роб Найт, доктор философии, профессор и директор Центра инноваций микробиома в Калифорнийский университет в Сан-Диего.

«До секвенирования сточных вод единственным способом сделать это было клиническое тестирование, что невозможно в больших масштабах, особенно в районах с ограниченными ресурсами, участием общественности или возможностями для проведения достаточного тестирования и секвенирования. Мы показали, что секвенирование сточных вод может успешно отслеживать региональную динамику инфекции с меньшими ограничениями и предубеждениями, чем клиническое тестирование, в интересах практически любого сообщества».

Люди с COVID-19 выделяют вирус со стулом, независимо от того, есть у них симптомы или нет. Летом 2020 года Найт и его коллеги использовали этот факт, чтобы начать роботизированный отбор проб сточных вод в кампусе Калифорнийского университета в Сан-Диего.

«Университетская программа «Возвращение к обучению» была задумана и построена на трех столпах: обнаружение вирусов, снижение рисков и вмешательство», — сказал ректор Калифорнийского университета в Сан-Диего и соавтор исследования Прадип К. Хосла. «Ничего подобного раньше не делалось. Усилия по отбору проб и обнаружению начались скромно, но неуклонно росли с увеличением исследовательского потенциала и опыта. В настоящее время мы наблюдаем почти 350 зданий на территории кампуса».

Программа имела успех. Студенты начали возвращаться в кампус в середине 2020 года, при этом уровень заболеваемости COVID-19 намного ниже, чем в соседних общинах. В марте 2021 года надзор за сточными водами стал региональным: каждую неделю производилось секвенирование нескольких проб с завода по первичной очистке сточных вод округа Сан-Диего в Пойнт-Лома с площадью водосбора 2,3 миллиона человек.

«Программа очистки сточных вод была важным элементом ответных мер Калифорнийского университета в Сан-Диего на пандемию COVID», — сказал Роберт Скули, доктор медицинских наук, профессор медицинского факультета Медицинской школы Калифорнийского университета в Сан-Диего, соруководитель программы «Возвращение к обучению» и соавтор исследования. «Он предоставил нам информацию в режиме реального времени о местах в кампусе, где продолжалась вирусная активность.

«Отбор проб сточных вод, по сути, позволил нам ежедневно «брать мазок из носа» у каждого человека выше по течению от коллектора и использовать эту информацию для концентрации усилий по обнаружению вирусов на индивидуальном уровне».