Новое исследование характеризует виром кишечника

Новое исследование добавило многочисленные ранее не охарактеризованные вирусные геномы и гены к постоянно растущему во всем мире пулу виромов кишечника человека. Исследование, опубликованное в mSystems, журнал Американского общества микробиологии с открытым доступом, окажется полезным в исследовании роли кишечного вирома в здоровье и болезнях человека.


«Виром кишечника человека все еще очень мало изучен, и предстоит открыть множество новых вирусов, некоторые из которых могут иметь важное влияние на процессы, влияющие на здоровье и болезни человека», – сказала главный исследователь исследования Джелле Маттейнссенс, доктор философии, профессор Отделение микробиологии, иммунологии и трансплантологии, Институт Rega, Отдел клинической и эпидемиологической вирусологии, Лаборатория вирусной метагеномики, KU Leuven, Leuven, Бельгия.

Кишечник человека содержит сложную экосистему микроорганизмов, из которых бактерии широко изучены. Доктор Маттейнссенс сказал, что исследования вирусов в кишечнике отстают. Цель проекта MicrobLiver – получить представление о взаимодействии между хозяином и микробиомом кишечника у людей и о роли оси кишечник- на ранних стадиях алкогольной и неалкогольной жировой болезни печени. «В рамках проекта MicrobLiver мы стремились создать каталог вирусных геномов, который можно было бы использовать в последующих исследованиях нескольких групп людей с ранними стадиями алкогольной и неалкогольной жировой болезни печени», – сказал доктор Маттинссенс.

В новом исследовании исследователи использовали 254 образца фекалий 204 датских субъектов для создания датского каталога кишечных виромов (DEVoC). Педиатрическая когорта включала 50 детей и подростков (6-18 лет) с индексом массы тела (ИМТ) выше 90.th процентиль, вместе с 50 здоровыми людьми соответствующего возраста и пола. Когорта взрослых (34–76 лет) включала 52 пациента с алкогольным заболеванием печени и 52 пациента из контрольной группы по полу, ИМТ и соответствующего возраста.

Исследователи использовали протокол Novel Enrichment Technique Of Viromes (NetoVIR) для очистки всех вирусных частиц из образцов стула и секвенировали их геномы с помощью технологий глубокого секвенирования. (NetoVir позволяет исследователям получить быстрый, воспроизводимый и высокопроизводительный протокол подготовки образцов для секвенирования исследований вирусомии кишечника нового поколения.)

Кроме того, они использовали передовой инструмент биоинформатики для идентификации почти 13 тысяч (частичных) вирусных геномов, многие из которых были новыми и не представлены в общедоступных базах данных.

Хотя известно, что виромы кишечника очень индивидуальны, исследователи идентифицировали 39 геномов, которые присутствовали как минимум у 10 здоровых субъектов. Эти 39 геномов были дополнительно сравнены с общедоступными наборами данных о виромах со всего мира, показав несколько возрастных, географических и связанных с заболеваниями моделей распространенности. В частности, 2 генома показали чрезвычайно высокую распространенность во всем мире. Первым был crAss-подобный фаг (распространенность 20,6%), относящийся к предварительным AlphacrAssvirinae Подсемейство, в то время как второе было ранее не описанным умеренным фагом, заражающим Bacteroides dorei (распространенность 14,4%), названным LoVEphage. Затем исследователи проверили общедоступные базы данных и смогли получить 18 дополнительных кольцевых геномов, подобных LoVEphage (от 67,9 до 72,4 kb).

«Наши результаты также подчеркивают, что виром кишечника человека все еще недостаточно изучен и что предстоит открыть много новых вирусов. В частности, идентификация новых фагов, общих для людей по всему миру, представляет интерес для более глубокого изучения», – сказал д-р Маттейнссенс. . «Затем каталог будет использован для дальнейшего изучения различий в вироме у разных групп пациентов с ранними стадиями алкогольной и неалкогольной жировой болезни печени. Мы надеемся, что эти исследования дадут нам общее представление о роли кишечного вирома. в развитии алкогольной и неалкогольной жировой болезни печени. Кроме того, мы изучим виром, чтобы определить биомаркеры прогрессирования заболевания или прогнозирования успеха лечения ».

0 Комментарий
Inline Feedbacks
View all comments