Геном водяной полевки поможет улучшить сохранение одного из самых исчезающих млекопитающих Великобритании

Сегодня был выпущен новый инструмент, помогающий сохранить одно из наиболее угрожаемых млекопитающих Великобритании, с публикацией первого высококачественного эталонного генома европейской водяной полевки. Геном был создан учеными из института Wellcome Sanger в сотрудничестве с благотворительной организацией по охране животных Wildwood Trust в рамках проекта «Древо жизни Дарвина».


Геном, опубликованный сегодня (24 июня 2021 г.) по Wellcome Open Research, открыто доступно в качестве справочного материала для исследователей, стремящихся оценить генетику водных полевок, лучше понять, как этот вид эволюционировал, и управлять усилиями по реинтродукции.

Европейская водяная полевка (Arvicola amphibius) – небольшое полуводное млекопитающее, обитающее на берегах пресноводных местообитаний и водно-болотных угодий. Вид произрастает в Европе, Западной Азии, России и Казахстане. В то время как статус сохранения водных полевок вызывает «наименьшее беспокойство» во всем мире, в Соединенном Королевстве сократились до такой степени, что этот вид считается находящимся под угрозой исчезновения в национальном масштабе. Утрата среды обитания и хищничество американской норки, инвазивного чужеродного вида, привели к сокращению популяции Великобритании с 7,3 миллиона в 1990 году до примерно 132000 в 2018 году.

В 2008 году водяные полевки получили полную юридическую защиту в Великобритании. В Великобритании был реализован ряд природоохранных проектов, направленных на поддержку популяций водных полевок, включая усилия по восстановлению среды обитания и контролю над популяцией американской норки. Также предпринимаются усилия по возвращению водяной полевки в ряд восстановленных городских и диких местообитаний, а также по смягчению воздействия новой застройки.

Европейские водяные полевки вернулись в Великобританию из незамерзающих убежищ в Иберии и Восточной Европе после последнего ледникового периода, и эти две клады внесли свой вклад в генетическое разнообразие британских популяций. Это разнообразие может проявляться в определенных чертах, таких как мех шотландских водяных полевок, который отличается от тех, которые в Англии имеют тенденцию к коричневому меху. Но все богатство генетического разнообразия нельзя оценить только по внешнему виду. Также неизвестно, сколько разнообразия было потеряно в результате недавнего спада численности населения.

Хейзел Райан, старший специалист по охране природы в Wildwood Trust, сказала: «Водяные полевки – удивительные животные, и мы не до конца понимаем, что теряют экосистемы без них. норы и изменяют ландшафт. Мы подозреваем, что некоторые водных полевок в последние десятилетия стали инбредными из-за сокращения численности и фрагментации популяций из-за потери среды обитания. Контрольный геном предлагает нам способ лучше понять генетическое разнообразие для реинтродукции и рассмотреть возможность смешивания особей чтобы у населения были лучшие шансы на процветание ».

Для секвенирования эталонного генома европейской водяной полевки был взят образец крови у живого самца A. amphibius, который был частью неволи, разводимой Фондом Wildwood Trust в Кенте, Великобритания. ДНК была извлечена из этого образца и секвенирована учеными из института Wellcome Sanger на инструментах Pacific Biosciences SEQUEL I и Illumina HiSeq X.

Профессор Роб Огден, директор отдела естественных наук Эдинбургского университета, сказал: «Понимание генетического разнообразия и структуры популяций водяных полевок является важным аспектом их сохранения в Великобритании и центральным элементом международных руководящих принципов по перемещению диких животных для управление сохранением. Обнародование генома водяной полевки предоставляет полный набор генетических инструментов для поддержки будущей устойчивости вида в Великобритании ».

Геном водяных полевок опубликован в рамках Дарвиновского проекта «Древо жизни», в рамках которого партнерские организации будут упорядочивать и собирать геномы 70000 видов животных, растений, грибов и простейших по всей Великобритании и Ирландии.