Проект по чтению геномов всех 70000 видов позвоночных сообщает о первых открытиях

Это один из самых смелых проектов в биологии на сегодняшний день – чтение полного генома каждой птицы, млекопитающего, ящерицы, рыбы и всех других существ с позвоночником.


И вот первая крупная выгода от Проекта генома позвоночных (VGP): почти полные высококачественные геномы 25 видов, исследователь Медицинского института Говарда Хьюза (HHMI) Эрих Джарвис с множеством соавторов сообщают в журнале 28 апреля года. . К этим видам относятся большая подковообразная летучая мышь, канадская рысь, утконос и попугай какапо – один из первых высококачественных геномов исчезающих видов позвоночных.

В документе также излагаются технические достижения, которые позволяют ученым достичь нового уровня точности и полноты, и открываются возможности для расшифровки геномов примерно 70 000 видов позвоночных, живущих сегодня, говорит исследователь HHMI и соавтор исследования Дэвид Хаусслер, специалист по компьютерной генетике из Института компьютерной генетики. Калифорнийский университет в Санта-Крус (UCSC). «Мы получим захватывающую картину того, как на самом деле заполнила все экосистемы этим невероятно разнообразным множеством животных».

Вместе с множеством сопроводительных документов работа начинает оправдывать это обещание. Команда проекта обнаружила ранее неизвестные хромосомы в геноме зебрового вьюрка, например, и неожиданное открытие о генетических различиях между мозгом мартышки и человека. Новое исследование также дает надежду на спасение попугая какапо и исчезающего дельфина вакита от исчезновения.

«Эти 25 геномов представляют собой ключевую веху», – объясняет Джарвис, председатель VGP и нейрогенетик из Университета Рокфеллера. «Мы узнаем намного больше, чем ожидали», – говорит он. «Работа является доказательством принципа будущего».

От 10 до 70 тысяч

Вехой в создании VGP были годы. Истоки проекта восходят к концу 2000-х годов, когда Хаусслер, генетик Стивен О’Брайен и Оливер Райдер, директор по генетике сохранения в зоопарке Сан-Диего, решили, что пора мыслить масштабно.

Вместо того, чтобы секвенировать всего несколько видов, таких как люди и модельные организмы, такие как плодовые мухи, почему бы не прочитать полные геномы десяти тысяч животных в смелой статье « 10К»? Однако в то время цена составляла сотни миллионов долларов, и план так и не сдвинулся с мертвой точки. «Все знали, что это отличная идея, но никто не хотел за нее платить», – вспоминает исследователь HHMI и профессор HHMI Бет Шапиро, биолог-эволюционист из UCSC и соавтор книги. бумага.

Кроме того, ранние попытки ученых описать или «секвенировать» все буквы ДНК в геноме животного были пронизаны ошибками. В первоначальном подходе, использованном для завершения первого приблизительного генома человека в 2003 году, ученые разрезали ДНК на короткие части длиной в несколько сотен букв и прочитали эти буквы. Затем последовала чертовски трудная работа по сборке фрагментов в правильном порядке. Методы не соответствовали поставленной задаче, что приводило к неправильной сборке, серьезным пробелам и другим ошибкам. Часто даже невозможно было сопоставить с отдельными хромосомами.

0 Комментарий
Inline Feedbacks
View all comments