Новый метод расширяет мир малых РНК

Команда под руководством ученого-биомедика из Калифорнийского университета в Риверсайде разработала новый метод секвенирования РНК — «Панорамное отображение РНК путем преодоления прерванного секвенирования модификацией РНК» или PANDORA-seq, который может помочь обнаружить многочисленные модифицированные малые РНК, которые ранее не могли быть обнаружены.


РНК играет центральную роль в декодировании генетической информации в для поддержания жизни организма. Он широко известен как промежуточная , используемая для синтеза белков из ДНК. наполнены молекулами РНК в сложных и разнообразных формах, двумя основными типами которых являются рибосомные РНК или рРНК; и переносят РНК, или тРНК; которые участвуют в синтезе белков.

Малые РНК играют важную роль в здоровье и болезнях, включая рак, , неврологические заболевания и бесплодие. Примеры малых РНК: микроРНК; piwi-взаимодействующая РНК или пиРНК; и малая РНК, происходящая от тРНК, или цРНК. Малые РНК могут модифицироваться химическими группами и, таким образом, приобретать новые функции.

Разработка высокопроизводительных технологий секвенирования РНК, полезных для изучения количества и последовательностей РНК в биологическом образце, открыла расширяющийся репертуар малых популяций РНК, которые точно настраивают экспрессию генов и защищают геномы.

«PANDORA-seq может широко использоваться для профилирования ландшафтов малых РНК в различных физиологических и болезненных состояниях, чтобы облегчить открытие ключевых регуляторных малых РНК, участвующих в этих условиях», — сказал Ци Чен, доцент биомедицинских наук в Медицинской школе UCR. , который руководил исследованием, опубликованным сегодня в клеточной биологии. «Модифицированные малые РНК носят« маску-невидимку », которая предотвращает их обнаружение традиционными методами секвенирования РНК. Сколько существует таких модифицированных РНК? Каково происхождение их последовательностей? И какова именно их биологическая функция? Это вопросы PANDORA-seq может ответить. «

PANDORA-seq использует ступенчатую ферментативную обработку для удаления ключевых модификаций РНК, которая затем снимает маску-невидимку, используемую модифицированными малыми РНК.

«PANDORA-seq открыла ящик Пандоры с маленькими РНК, — сказал Тонг Чжоу, биоинформатик из Университета Невады, Медицинской школы Рино и соавтор исследования. «Теперь мы можем танцевать с этими когда-то невидимыми партнерами в бальном зале RNA».

По словам Чена, PANDORA-seq раскрывает удивительный ландшафт малых РНК, в котором преобладают цРНК и малые РНК, полученные из рРНК, или рсРНК, а не микроРНК, которые ранее считались доминирующими во многих тканях и клетках млекопитающих.

«С помощью PANDORA-seq мы обнаружили беспрецедентную динамику микроРНК / цРНК / рсРНК, когда соматические клетки перепрограммируются в индуцированные плюрипотентные , которые генерируются взрослыми клетками и обладают свойствами, аналогичными свойствам эмбриональных стволовых клеток, что делает их способными дифференцироваться во всех «клеточные типы тела», — сказал Сихем Челуфи, доцент кафедры биохимии UCR и соавтор . «Некоторые цРНК и рсРНК могут влиять на белка и даже влиять на дифференцировку клонов эмбриональных стволовых клеток в эмбриональных стволовых клетках».

0 Комментарий
Inline Feedbacks
View all comments